北方生物圏フィールド科学センター・生物生産研究農場 http://www.fsc.hokudai.ac.jp/farm/agroecosystem/blog/staff/hirata-toshiyuk/
共同研究者:Maria Stefanie Dwiyanti(農学研究院・連携推進分野・情報ゲノム科学)
雑草管理を効率的に行うためには、その発生や分布パターンを把握する必要がある。本チームでは、北海道の主要雑草種についてDNAデータベースを構築し、次世代シークエンサーを用いた新しい雑草群集の評価法の確立を目指しています。
札幌・帯広から収集した主要雑草種(約50種)から全DNAを抽出し、葉緑体DNAにある可変性領域の塩基配列データベースを構築し、北海道の主要雑草種の識別に有効なPCRプライマーセットを設計した。圃場より収集した雑草の混合サンプルから抽出したDNAを識別プライマーによりPCRで増幅した後、MiSeq(イルミナ社)により塩基配列を読み取り、データベースと照合することにより、サンプル内の雑草種を同定する手法を確立した。また、各DNA断片のカウントデータから、集草内の各種雑草のバイオマス比の推定も可能である。
圃場の栽培環境について、従来の土壌環境や養分サイクルの評価に加えて、DNA配列による雑草群集の解析などを用いた総合的な評価を行っています。これらの評価をもとに、より安定した持続的農法についての研究を行っています。